Unrichtige Darstellungen bezüglich des Abzugs der Anzahlungs-/Teilrechnungen von der Schlussrechnung führen vermehrt zu unnötigen Diskussionen, die oft auch mit steuerlichen Nachteilen verbunden sein können. Das Augenmerk wird dabei auf den Ausweis der enthaltenen Umsatzsteuer bei den abgezogenen Teil-/Anzahlungsrechnungen gelegt.
Durch diese korrekte Rechnungsausstellung soll ausgeschlossen werden, dass der Rechnungsempfänger aufgrund einer Schlussrechnung, bei der nur die gesamte Umsatzsteuer des Projektes in Summe ausgewiesen wird (ohne ausgewiesene Abzüge der Umsatzsteuer der bisherigen Rechnungen), den gesamten Vorsteuerbetrag aus der Schlussrechnung beim Finanzamt geltend macht, obwohl bereits ein Teil der Vorsteuer aufgrund von Anzahlungen geltend gemacht wurde.
Bei korrekter Ausstellung der Schlussrechnung ist vor allem darauf zu achten, dass zuerst das gesamte Projekt mit der Gesamtsumme abgerechnet wird (verrechnete Leistungen aus Teil- und Anzahlungsrechnungen sind hier inkludiert) und die ausgestellten Anzahlungs-/Teilrechnungen bzw. die geleisteten Zahlungsbeträge (Netto- und Bruttobetrag sowie auch zwingend der Betrag der darauf entfallenen Umsatzsteuer) abgezogen wird.
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